Yeni kurulan akvaryumda azot döngüsünü tesis etmek ilk yapılması gerekenlerdendir. Ancak bu sayede dengeli ve sağlıklı bir akvaryum elde edilebilir. Döngü sağlandığında akvaryumun bakımı çok daha kolay olacaktır. Aslında akvaryum azot döngüsü biyolojik filtreleme işlevini görür. Sudaki yararlı bakteriler sayesinde, balıklar için zehirli olan amonyak ve nitrit onlar kadar zararlı olmayan nitrata dönüştürülür. Nitrat ise belli oranlarda kaldığı sürece kabul edilebilirdir.
Bunun en önemli nedeni akvaryumda balıklar için zehirli olan ve balık ölümlerine yol açan amonyağın bulunmasıdır. Amonyağın kaynağı; balık dışkısı, yenmemiş yemler ve suda çözünen kırıntılardır. Açığa çıkan amonyağın kimyasal filtre ile akvaryumdan uzaklaştırılması mümkündür. Ancak bu daha zahmetli bir yöntemdir.
Azot döngüsü tesis edilen akvaryumda ise bu işlem doğal yollarla gerçekleşir. Balıklar için zehirli olan amonyak, nitrosomonas ve nitrobacter isimli yararlı bakterilerin besin kaynağıdır. Bakteriler amonyağı tüketerek önce nitrite, daha sonra da daha az zararlı olan nitrata çevirir. Açığa çıkan nitrat bitkiler için faydalıdır. Yine de kısmi su değişimleri yapılmalı ve akvaryumdaki nitrat miktarı kontrol altında tutulmalıdır.