Kafa motoru tek yönde ve düzgün akıntı sağlarken, dalga motoru dağınık bir akıntı ve sirkülasyon ile denizlerdeki ve okyanuslardaki gibi dalga oluşturur. Kirlerin akvaryumun dibinde birikmesini önleyerek filtrede toplanmasına yardımcı olur.
Tek yönde akış oluşturduğu için kafa motoru kullanıldığında kirlilik bir yerde birikir. Dalga motoru suyu ileri geri hareket ettirdiği için kirlilik belli noktalarda toplanmaz.
Tek kafa motoru kullanıldığında düzgün akış, çift kafa motoru kullanıldığında türbülanslı bir akış sağlanır. Ancak yine de kafa motorları dibe biriken artıkları dalga motoru gibi kaldıramaz.