Filtre sudaki artıkların bir kısmını toplar. Ancak sudaki nitratı azaltamaz ve dibe çöken artıkları temizleyemez. Bu yüzden düzenli olarak kısmi su değişimi yapmak gerekir. Bu değişimler sayesinde sudaki mineraller tazelenmiş, nitrat miktarı azaltılmış ve akvaryumun dibine çökmüş artıklar temizlenmiş; aynı zamanda akvaryum suyu berrak kalmış olur.
Akvaryum suyunun tamamı değiştirilmemelidir. Çünkü balıklar hassas canlılardır. Su kimyasındaki ve sıcaklığındaki ani değişimlere adapte olamazlar. Ya hastalanmaları kolaylaşır ya da hayatını kaybederler. Bu yüzden hastalık halinde bile günde en fazla %25 su değişimi yapmak gerekir.
Normal zamanda haftalık %20-25 su değişimi yapmak yeterli olur. Eklenecek su musluk suyu ise iki gün dinlendirilmiş olmalıdır. Çünkü ancak bu sürenin sonunda içindeki klor gazı uçmuş olur. Klor balıklar için zararlı bir gazdır. Düzenli kısmi su değişimlerini aksatmamak, balıkların sağlıklı kalmasına büyük katkıda bulunur. Kirli akvaryum suyu ise hastalıklara davetiye çıkarır.