Cüce gurami balığının cinsiyeti çeşitli yöntemlere belirlenebilir. Erkek cüce gurami balıklarının yüzünde, boğazında ve karın kısmında siyah ve mavi renkler bulunur. Dişi cüce gurami balıklarının yan tarafları boyunca yatay koyu bir çizgi vardır. Bu çizginin rengi dişinin renk değişimi ile beraber daha belirgin ya da silik hale gelebilir. Renk farkı bazı varyetelerde ayırt edici özellik olmayabilir.
Renk farkı haricinde büyüklük farkı da cüce guraminin cinsiyetini belirlemekte fayda sağlar. Dişi cüce guramiler erkeklere göre daha iri olur. Erkekler en fazla 4.5 santimetre olurken, yetişkin dişiler 5.5 santimetre civarında olur. Bu ölçüm balığın burnunun ucundan kuyruk köküne kadar yapılır. Boyun aynı yaştaki balıklar için bir kriter olduğu unutulmamalıdır.
Karakter farkı da dişi erkek ayrımı için kullanılabilir. Erkek balıklar dişilere göre daha agresif karakterli olur. Diğer balıkları kovalayan bir cüce gurami varsa, muhtemelen erkektir. Ayrıca baloncuklar ile su yüzeyinde yuva yapmak erkek cüce gurami balıklarına özgüdür.