Cüce vatoz otçul bir balıktır. Hayatta kalabilmesi için durmadan beslenmesi gerekir. Birincil besini akvaryum camı, dekorlar ve bitkilerin üzerinde yetişen yeşil yumuşak yosunlardır. Yeni akvaryumlarda ortaya çıkan kahverengi diatom yosunlarından da hoşlanır. Yeşil renkli noktasal yosunları yiyemez, çünkü bu yosun türü bulunduğu yüzeye çok sıkı yapışır.
Cüce vatozları sebzelerle beslemek mümkündür. Tabii her otocinclus cüce vatoz her sebzeyi sevmez. Bunu ancak deneme yanılma yöntemiyle öğrenebilirsiniz. Cüce vatozların en çok hoşlandığı sebzeler kabak, brüksel lahanası, marul ve ıspanaktır.
Taze sebzeye genellikle hemen ilgi göstermezler. Sebzenin akvaryuma koyulmasından 3-4 saat, bazen de 12 saat sonra onu yemeye başlarlar. Çünkü ancak bu süre sonunda sebze yiyebilecekleri kadar yumuşamış olur. Bu yüzden sebzeyi önceden yumuşatmakta fayda vardır. Mikrodalga fırında sebzenin 30 saniye süreyle haşlanması yeterli olacaktır.
Sebzenin suda batması gerekir. Çünkü su üzerinde yüzen sebzeyi cüce vatozun fark etmesi güçtür. Mandal ya da ağırlık kullanılarak sebze suyun dibinde tutulabilir. Cama yapıştırılan vantuzlu gereçler sayesindeyse seyir zevki daha fazla olacaktır. Sebzenin en geç 1 gün sonra akvaryumdan çıkartılması gerekir. Çünkü artık bozularak suyu kirletmeye başlar.