Japon balığı cinsiyetini anlamak kolay değildir, çünkü belirgin cinsel organları yoktur. Bunun yerine dış görünüş ve davranış farklılıklarından faydalanabilirsiniz. Üreme döneminde erkeklerin solungaç kapaklarında ve göğüs yüzgeçlerinde beyaz renkli sivilce benzeri çıkıntılar oluşur. Aynı dönemde taşıdıkları yumurtalar sebebiyle dişiler daha iri görünür.
Dişi ve erkeğin fiziksel görünüşünde çok ufak farklılıklar vardır. Örneğin dişi Japon balıkları daha parlak renkli olur. Anüsleri de dışarıya doğru çıkıktır. Erkek japonların ise anüsü vücuduna girinti yapar. Ayrıca göğüs yüzgeçleri daha sivri uçludur.
Balıkların tavırlarından da bir tahmin yürütülebilir. Normalde dişiler erkeklere göre daha hareketlidir. Erkekler üreme döneminde aktifleşir ve dişileri kovalamaya ve dürtmeye başlar. Ancak bu davranışın analizi kesin çözüm değildir. Çünkü erkek Japon balıkları da birbirini kovalar.