30 santimetreden daha küçük koi balıklarının cinsiyetini belirlemek zordur. Ancak daha büyük balıkların cinsiyeti bazı yöntemlerle belirlenebilir. Aynı yaştaki erkek ve dişi koi balıkları karşılaştırılacak olursa; erkeğin daha küçük ve narin, dişinin daha şişman ve geniş vücutlu olduğu görülecektir. Erkek koi balığı daha büyük ve sivri uçlu pectoral yüzgeçlere sahip olabilir.
- Vent kontrolü de yapılabilir. Vent, anal yüzgecin hemen önünde bulunan ve üremeyi sağlayan açıklıktır. Bu açıklık dişi koi balıklarında daha yuvarlak ve pembe renklidir.
- Yetişkin dişi balıkların karın kısmı yumurtaları tutabilmesi için daha yumuşaktır.
- Dişi balıklar yem yerken daha agresiftir. Yüzeye yakın durup, durmadan yem isterler. Erkek balıklar ise yem yerken daha hareketlidir.
- Üreme döneminde erkek koinin kafasının yanlarında beyaz renkli, dokunulduğunda zımparayı andıran sivilceler oluşur.